Setiap dapur menunjuk Sanitation Manager yang diutamakan guru gizi atau ahli diet, jika tidak ada maka dari juru masak bersertifikat untuk mengelola higiene harian dan catatan HACCP.
Semua pekerja termasuk paruh waktu mendapat pelatihan rutin.
Sementara pihak luar tidak boleh masuk dapur kecuali terpaksa dan harus memakai perlengkapan bersih serta dicatat status kesehatannya.
Sistem ini berdiri di atas pencatatan sehari-hari dan inspeksi berkala agar masalah terdeteksi lebih awal dan layanan tetap aman.
Keamanan makan sekolah menjadi tanggung jawab langsung otoritas pendidikan dan pengelola sekolah.
Penerapannya mengikuti prinsip HACCP pada fasilitas, penanganan pangan, kesehatan pekerja, dan pencatatan, dengan dukungan kantor kesehatan masyarakat (保健所) serta tenaga medis dan farmasi sekolah.
Dapur ditempatkan di lokasi higienis, luas sesuai kapasitas porsi, menjalani inspeksi dan perbaikan rutin.
Terapkan zonasi area terkontaminasi (penerimaan, praproses mentah, cuci sebelum disinfeksi), area non-terkontaminasi (pendinginan pascamasak, pemorsian, saji), dan area lain (ganti baju, toilet staf, ruang depan).
Diupayakan ada air curtain pada bukaan yang menghadap luar.
Diupayakan menerapkan dry system atau minimal menjalankan operasi secara kering.