Setelah direndam, daging direbus cepat dengan air panas agar kadar lemaknya berkurang, lalu dipotong kecil-kecil agar mudah dikonsumsi.
Proses merebus daging paus tidak boleh terlalu lama karena teksturnya bisa menjadi keras.
Waktu terbaik memasukkan daging paus adalah setelah sayuran dalam sup sudah cukup lunak.
Dengan begitu, rasa asin alami dari daging paus dapat menyatu sempurna dengan kuah sup.
Dahulu, masyarakat langsung menggunakan garam dari daging paus sebagai bumbu kuah.
Namun kini, proses perebusan dilakukan lebih teliti untuk menghilangkan aroma kurang sedap dan lemak teroksidasi dari daging paus tersebut.
Kini, miso sering ditambahkan untuk menyamarkan bau khas paus sekaligus menambah cita rasa sup.
Selain miso, garam atau kecap asin juga bisa digunakan sesuai selera masing-masing keluarga.
Shio kujira jiru biasa dinikmati sepanjang musim panas, terutama mulai bulan Juli hingga September.
Sup ini masih rutin dimasak di rumah-rumah sebagai menu khas musim panas.